佛山市三水区人民检察院按照法律规定和业务分工设置内部机构，分别承办审查逮捕、审查起诉等业务（联系电话：87775723，联系地址：佛山市三水区西南街道环城路75号，邮政编码：528100）。
1、政治部（机关党委）
负责政治思想教育、组织人事、工资管理、检察文化建设等工作。负责机关离退休干部和机关党群工作。
2、办公室（司法警察大队）
负责会务、保密、档案管理等工作；负责本级财务管理、国有资产管理、政府采购、机关后勤服务等工作，编制本院支出规划和部门预决算；负责实施网络安全和信息化建设规划，承担机关基础网络、设施和系统应用的日常运行维护管理。负责司法警察大队的管理、培训、考核以及枪支弹药等警用装备的管理工作。 
3、第一检察部 
负责危害国家安全、破坏社会主义市场经济秩序、侵犯财产、危害国防利益、贪污贿赂、渎职等犯罪案件的审查逮捕、审查起诉及相关案件的补充侦查、立案监督、侦查监督、审判监督、申诉等工作。
4、第二检察部
负责侵犯公民人身、民主权利、妨害社会管理秩序、军人违反职责等犯罪案件的审查逮捕、审查起诉及相关案件的补充侦查、立案监督、侦查监督、审判监督、申诉等工作。
5、第三检察部
负责未成年人犯罪、危害公共安全等犯罪案件的审查逮捕、审查起诉及相关案件的补充侦查、立案监督、侦查监督、审判监督、申诉等工作，并承担未成年人犯罪预防等工作。
6、第四检察部
负责对看守所和社区矫正机构等单位执法活动监督，对刑事判决、裁定执行、强制医疗执行、羁押和办案期限的监督等工作。负责区人民检察院驻看守所检察室工作。
7、第五检察部
负责办理申请监督和提请抗诉的民事、行政案件的审查、提起抗诉或提请抗诉，对民事、行政案件诉讼、执行活动实行法律监督,办理管辖的民事、行政申诉案件。负责法律规定由县级检察院办理的公益诉讼案件和公益诉讼申诉案件,负责两法衔接工作。
8、综合业务部
负责受理向区人民检察院的控告、申诉和举报，承办管辖的国家赔偿案件和国家司法救助案件。负责案件管理、办案质量评查、业务考评和业务统计分析研判以及检察官档案制作与管理等工作，落实上级人民检察院检务督察工作。负责法律、法规、政策的研究，承担检察委员会日常工作以及司法体制改革相关工作等。